提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中俄珲春口岸恢复客运通关******
中新网吉林珲春1月8日电 (郭佳 张瑶 查皓文)中俄珲春口岸8日正式恢复客运通关。时隔三年,珲春口岸再度热闹起来,截至当天傍晚,有近200人通关。
珲春市位于吉林省东部,是中国、俄罗斯、朝鲜三国交界地带,珲春口岸是该省唯一对俄公路口岸。疫情暴发以来,珲春口岸货物进出口基本保持正常。
1月8日,俄罗斯旅客在珲春口岸通关。 查皓文 摄8日一早,珲春口岸就迎来了首批出入境旅客,他们带着行李、包裹在执勤民警的引导下有序排队,逐一接受边防检查。根据要求,入境人员(含司乘人员)在行前48小时进行新冠感染核酸检测,结果为阴性者可入境,无需向驻外使领馆申请健康码,将检测结果填入海关健康申明卡即可。
为确保口岸客运通关正常恢复,珲春出入境边防检查站成立了口岸复通工作专班,根据口岸恢复通关初期流量,优化通关措施、调整警力部署,确保出入境旅客通关顺畅安全。
疫情暴发前,珲春口岸非常繁忙,每年有三四十万旅客通关,其中以俄罗斯游客居多,尤其新年前后更是俄罗斯游客入境高峰,他们在当地休闲、购物、投资,为这座边境小城带来无限活力。此次恢复旅客通关对吉林省对外贸易和边境旅游业发展有积极意义。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |